Awal mula nama Pesantren Yama Tahfidz & Bahasa Arab Bogor adalah Pesantren Hidayatullah Bogor yang berlokasikan di Jln Raya Parung Bogor RT 01 RW 02 Kel. Jampang Kec. Kemang Kab. Bogor Parung Jawa Barat. 

Pesantren Yama Tahfidz & Bahasa Arab Bogor atau Pesantren Hidayatullah Bogor di dirikan pada tanggal 28 oktober 2011 oleh 6 orang Pemuda, mereka adalah para pemuda terbaik pilihan Allah yang siap berjuang untuk mensyiarkan agama Allah Azza Wa Jalla di bumi Allah ini. Yang pertama adalah Ustadz Jaelani Ja’far, Lc, Ustadz Muhammad Izzuddin, Lc, Ustadz Maswiyana, S.H.I, Ustadz Dhika Ilamsyah, Ustadz Ismail Kadir, S.Sos.I, dan Ustadz Hanafi Anwar.

Mereka mendirikan Pesantren Yama Tahfidz & Bahasa Arab Bogor atau Pesantren Hidayatullah Bogor di atas tanah seluas 500 M milik seorang mukhsinah yaitu Ibu Hj. Nisem yang merupakan mertua dari Ustadz Jaelani Ja’far, Lc.

Dengan hanya memiliki satu bangunan yang disebut dengan rumah bambu atau istilah sekarang yaitu saung, keenam pemuda tersebut memulai sejarah perintisan Pesantren Yama Tahfidz & Bahasa Arab Bogor atau Pesantren Hidayatullah Bogor.

Tanah yang diwakafkan itu akhirnya dibangun sebuah rumah bambu untuk mendukung Program – Program yang telah direncanakan demi mencerdaskan para generasi bangsa dari golongan ekonomi menengah ke bawah.

Dengan segala kondisi serta keterbatasan yang di miliki pada waktu itu, Allah mempercayai dan mengemberi amanah kepada para Guru semua untuk mendidik serta mengajarkan anak – anak ilmu agama dan kewirausahaan demi mencapai cita – cita mereka.